Nació en 1578 en la calle Sacramento, pero se mudaron a la calle Mayor 59. Profarma Patrimonial la vendió hace menos de tres años y los nuevos titulares la reformaron de tal manera que hace que la farmacia se mantenga intacta, tal y como era en aquella época, pero se ha hecho más accesible y amplia para atender a las exigencias del mercado actual. Las ventas desde entonces se multiplicaron por cuatro.
La creó un alquimista veneciano que abasteció, durante décadas a la Casa Real, se dice que había un pasadizo subterráneo que comunicaba la farmacia con el Palacio Real, actualmente el túnel está tapado, pero se puede ver la trampilla. Felipe V les concedió el escudo oficial y puso el nombre de Farmacia Reina Madre. El nombre hace alusión a sus dos esposas. Durante el reinado de Felipe V, por miedo a que los farmacéuticos del Alcázar les envenenaran, la Casa Real compraba ahí sus medicinas, esta farmacia ya tenía fama gracias a Francisco I, que estuvo encerrado en la Torre de los Lujanes y desde aquí se le suministraban sus medicamentos.
La farmacia lleva en pie casi seis siglos. Tiene un mostrador espléndido nada más entrar, de caoba labrada con el nombre «Reina Madre» en relieve. A los laterales tiene dos fechas marcadas: 1578, que es el año de la fundación y 1914, fecha del traslado.
